Quy chế quy định cụ thể các nguyên tắc, trách nhiệm và quy trình quản lý, vận hành, kết nối, chia sẻ, cập nhật, khai thác, sử dụng dữ liệu; xử lý sự cố kỹ thuật và bảo đảm an toàn thông tin, an ninh mạng đối với Hệ thống thông tin báo cáo của Bộ Y tế.

Đối tượng áp dụng gồm các đơn vị thuộc, trực thuộc Bộ Y tế; Sở Y tế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; các cơ sở y tế và đơn vị liên quan trên toàn quốc tham gia cung cấp số liệu báo cáo ngành y tế.

Quy chế cũng áp dụng đối với các cơ quan, tổ chức, cá nhân khác được cấp quyền truy cập, cung cấp và khai thác dữ liệu trên Hệ thống thông tin báo cáo của Bộ Y tế.

Hệ thống thông tin báo cáo của Bộ Y tế là hệ thống tập trung của ngành Y tế, có chức năng thu thập, tổng hợp và cung cấp số liệu báo cáo theo quy định của Bộ Y tế, Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ.

Hệ thống được triển khai trên toàn quốc, từ cấp xã, cấp tỉnh đến cấp trung ương; đồng thời kết nối, liên thông dữ liệu báo cáo với Hệ thống thông tin báo cáo Chính phủ và các hệ thống thông tin, cơ sở dữ liệu chuyên ngành có liên quan.

Một trong những nguyên tắc quan trọng được đặt ra trong Quy chế là ưu tiên tự động tiếp nhận, tổng hợp dữ liệu thông qua kết nối, chia sẻ dữ liệu điện tử từ các cơ sở dữ liệu và hệ thống thông tin chuyên ngành, qua đó hạn chế tối đa việc nhập liệu và báo cáo trùng lặp.

Hệ thống có chức năng tạo lập dữ liệu phục vụ hoạt động báo cáo nhưng không thay thế chức năng quản lý, tạo lập dữ liệu gốc của các hệ thống, cơ sở dữ liệu chuyên ngành. Dữ liệu báo cáo phải bảo đảm yêu cầu "đúng, đủ, sạch, sống", tức chính xác, đầy đủ, kịp thời, có khả năng đối soát và xác định rõ nguồn gốc.

Quy chế quy định rõ việc phân quyền khai thác và sử dụng dữ liệu theo thẩm quyền, mục đích công vụ, đồng thời yêu cầu tuân thủ nghiêm các quy định về bảo vệ bí mật nhà nước, an toàn thông tin mạng và bảo vệ dữ liệu cá nhân.

Ban Truyền thông